இந்த கோயிலில் வில்லாயுதம் உடைய அய்யனார், முத்தையா சுவாமி, கருப்பசாமி, அக்னிவீரபத்திரர், கருப்பாயி அம்மன், சங்கிலிகருப்பு, கலுவடிகருப்பு, மெய்யாண்டி அம்மன், நாகப்பசாமி, சன்னாசி, ஆதிபூசாரி, பேச்சியம்மன், முத்துகருப்பசாமி, இருளப்பசாமி, வீரணசாமி, ராக்காயிஅம்மன், இருளாயிஅம்மன், சப்பாணி, சோணை, முனியாண்டி, பத்திரகாளி ஆகிய 21 தெய்வங்கள் அருள்பாலிக்கின்றனர்.

அய்யனாருக்கு வலது பக்கம் கருப்பசாமி, முத்தையா சன்னதியும், இடது பக்கத்தில் நாகப்பசாமி சன்னதியும் உள்ளது. ஜாதி பேதமில்லாமல் எல்லா இனத்தவரும் இந்த அய்யனாரை குலதெய்வமாக வழிபடுகிறார்கள். இந்த அய்யனார் மிகவும் சக்தி வாய்ந்தவர் என்பதால் மரியாதை நிமித்தம் இந்தப் பகுதியை குதிரையோ, குதிரை வண்டியோ தாண்டிச்செல்லாது. சேர, சோழ, பாண்டிய மன்னர்களுக்கும், சப்தகன்னிமார்களுக்கும் தனித்தனி விக்ரகங்கள் உள்ளன.

இந்த கோயிலின் உள்ளே நுழைந்ததும் முத்தையாவும், வில்லாயுதம் உடைய அய்யனாரும் குதிரை மீது அமர்ந்த படி பஞ்சபூதங்களுடன் நம்மை வர வேற்கிறார்கள். அவர்களை தரிசித்து அப்படியே நேராக சென்றால் இந்திரன் அய்யனாருக்கு அளித்த வெள்ளை யானை உள்ளது. அதையும் தாண்டிச் சென்றால் மூலஸ்தானத்தில் மூலவராக கலியுகத்தின் கண்கண்ட தெய்வமான வில்லாயுதம் உடைய அய்யனார் பூரணை, புஷ்கலை சமேதராக கிழக்கு பார்த்து அருள்பாலிக்கிறார்.

மூலஸ்தானத்தின் முன்பு செண்பகப்பாண்டியன் காலத்தில் செண்பகத்தோட்டத்தில் கிடைத்த செண்பகவல்லி அய்யனார், பூரண, புஷ்கலையுடன் அமர்ந்திருக்கிறார்.
இவருக்கு வெள்ளை யானை தவிர குதிரையும் ரிஷபமும் வாகனங்களாக உள்ளன. இது பாண்டியர் கால புராதன கோயிலாகும். அய்யனார் மதுரை எல்லையின் காவல் தெய்வம். இங்கு திருமலை நாயக்கரால் இரண்டு குதிரையும், ஒரு பூதமும் முதலில் கட்டப்பட்டது.

ஆரம்ப காலத்தில் முத்தையா சுவாமி என்பவர் இங்கு வந்தார். இங்குள்ள அய்யனாரிடம் அடைக்கலம் புகுந்தார். காலப் போக்கில் முத்தையா சுவாமி பிரபலமாகி விட்டார். அன்று முதல் அய்யனார் கோயில் என்ற நிலை மாறி, முத்தையா கோயில் என்று வழங்கப்பட்டது. தேவர்களின் அரசன் இந்திரன் ஐயப்பனை வளர்ந்து வருகிறார். அவரால் வளர்க்க இயலாத சூழ்நிலையில் பூலோகத்தில் குலாலர் இனத்தவரிடம் ஒப்படைத்து வளர்க்க கூறுகிறார். அவர்களும் இந்திரன் கூறியதன் பேரில் ஒவ்வொரு ஊரின் எல்லையிலும் அய்யனாரை வைத்து விழிபட்டு காவல் தெய்வமாக இருக்க வேண்டுகின்றனர். அவர்கள் செய்யும் பூஜையை அன்புடன் ஏற்றுக் கொண்டு அருள்பாலித்து வருகிறார்.

மரம் கூறும் வரலாறு : பொதுவாக புளிய மரத்தை பற்றி கூறும்போது ""புளி ஆயிரம் பொந்து ஆயிரம்'' என் று கூறுவார்கள். அந்தவகையில் இந்த கோயிலின் தலவிருட்சமான புளிய மரத்தின் பொந்தைப்பார்த்தால் மரமும், கோயிலும் 2 ஆயிரம் ஆண்டுகள் பழமை வாயந்ததாக கருதப்படுகிறது. பதஞ்சலி முனிவர் இந்த மரத்தின் அடியில் தவம் புரிந்ததாகவும் வரலாறு கூறுகிறது. பெரிய பொந்துடன் காணப்படும் இந்த மரத்தின் அடியில் உள்ள நாகம்மனுக்கு நாகதோஷம் உள்ளவர்கள் பால் ஊற்றி வழிபட்டால் தோஷம் நீங்குவதாக கூறுகிறார்கள். மேலும், இந்த மரத்தின் திருமண வரம் வேண்டி தாலிக்கயிறும், குழந்தை வரம் வேண்டி பெண்களின் சேலைத்துணியால் தொட்டிலும் கட்டப்படுகின்றன. இந்த மரத்தின் முற்றிய பெரிய கிளைகள் உடைந்து கீழே விழுந்ததில் இதுவரை மரத்தின் அருகே உள்ள சன்னதிகளுக்கு எந்த பாதிப்பும் ஏற்பட்டதில்லை என்று அங்கிருந்தவர்கள் கூறியது நம்மை ஆச்சரியப்படவைத்தது.