உஷத்கால பூஜை : சிவாச்சாரியார், சூர்ய உதயத்துக்குக் குறைந்தது 5 நாழிகைகள் (2 மணி நேரம்) முன்பு எழுந்து வாக்கினால் தோத்திரமும் மனத்தினால் இறைவனது தியானமும் செய்துகொண்டு, இரண்டு நாழிகைக்குள் காலைக்கடன்களை முடித்துக்கொள்ளவேண்டும். பின்னர், ஸ்நானம் செய்து, வெண்மையான வேஷ்டி அங்கவஸ்த்ரம் உடுத்தி, விபூதி, ருத்ராக்ஷம் போன்ற சிவச் சின்னங்களை அணிந்து, ஆசமனம், அனுஷ்டானங்களை செய்துவிட்டு, ஆலயம் செல்ல வேண்டும். கோயில் வாயிலில் கைகால்களைக் கழுவிக்கொண்டு எதிர்ப்படும் நந்தி தேவரையும் துவாரபாலகர்களையும் ப்ரார்த்தித்து அவர்தம் அனுமதி வேண்டி, திருக்கோவில் வளாகம் புக வேண்டும். அங்கே சகளீகரணம் செய்து, சாமான்யார்க்யம் கூட்டி, அந்த அர்க்ய நீரினால் தன் மீதும் புறத்தே உள்ள பொருள்கள் மீதும் தெளித்து, அனைத்தையும் தூய்மையாக்க வேண்டும். இதைத் தொடர்ந்து ஆத்மார்த்த பூஜையாக கரந்யாஸம், ப்ராணாயாமம் செய்து, பூதசுத்தி, அந்தர்யாகம், சிவோகம்பாவனை ஆகிய மூன்று கிரியைகளைச் செய்ய வேண்டும். இவற்றால் அருச்சகர் சிவபூஜைக்குத் தகுதி வாய்ந்தவர் ஆகிறார். பின்னர், திருக்கோயில் வளாகம் காவல் காக்கும் பொறுப்புள்ளவரிடம் இருந்து பைரவர் ஸந்நிதியின் திறவுகோலைப் பெற்று, பைரவரின் நடையைத் திறக்க வேண்டும். ÷க்ஷத்திரபாலகரை (பைரவரை) பூஜித்து, பொறி நைவேத்யம் செய்து, முதல் நாள் இரவு ஒப்புவிக்கப்பட்டு இதுகாறும் அவர் வயம் இருக்கும் பள்ளியறைத் திறவுகோல் மற்றும் முத்திரா தண்டம் (சாவிக்கொத்து) ஆகியவற்றை அங்குச் முத்திரையால் எடுக்க வேண்டும். பின்னர், அனைத்து ஸந்நிதிகளையும் திறக்கச் செய்து அவற்றின் ஸாந்நித்யம் கலைக்கப்படாமல் வாத்தியங்கள், தோத்திரப் பாடல்கள் இசைக்க, பள்ளியறை சென்று, வெளியே இருந்து திருப்பள்ளி எழுச்சிப் பாடல்கள் இசைக்க வேண்டும். பின்னர் துவார பூஜை செய்து, கதவுகளைத் திறப்பதற்குக் காலகாலனது அனுமதியை வேண்டி, கதவில் திறவுகோல் நுழைவதற்குரிய துவாரத்தை பிந்து வடிவினாகத் தியானித்து, பின் அருச்சித்து, திறவுகோலை நாத வடிவினதாகத் தியானித்து பிந்துவினுள் செலுத்தி, சக்தி-சிவ மந்திரங்களை உச்சரித்த வண்ணம் பள்ளியறைக் கதவினைத் திறந்திடல் வேண்டும். பவித்ரமான அர்க்ய நீரினால் உட்புறம் முழுதும் தெளித்து, நிர்மால்யம் களைந்து, பாவனையால் ஸ்நானம் முதலானவை செய்வித்து, ஆசமநீயம் ஆகியவற்றை முறைப்படி அளித்து, அவரை வெளியே எழுந்தருளும் வண்ணம் வேண்டி நிற்றல் வேண்டும். பின்னர் சக்தியை (மனோன்மணியை) அங்கேயே விடுத்து, இறைவனை (பாதுகையை) மட்டும் சிவிகையில் (பல்லக்கில்) எழுந்தருளுச் செய்து, வலமாக எடுத்து வந்து, கருவறை சேர்ப்பிக்க வேண்டும். அங்கு மூல மூர்த்திக்கு முன் பூவைக் கையில் எடுத்துக் கொண்டு, மூலலிங்கத்தில் சேர்த்திடல் வேண்டும். பிறகு உஷத்கால பூஜையாக ஸ்தான சுத்தி செய்து, பூதேவியை வழிபட்டு, திரவ்ய சுத்தி செய்து, கணபதியை பூஜிக்க வேண்டும். பிறகு, ஸ்வாமி, ஸோமாஸ்கந்தர், மகேச்வராதிகள், அம்பாள் ஆகியோரை விதிப்படி பூஜிக்க வேண்டும். பூஜையின் முடிவில் சூர்யோதயம் ஆக வேண்டும்.

தீர்த்த ஸங்க்ரஹணம், காலசந்தி பூஜை : சிவபெருமான் அர்த்தயாம பூஜையின் முடிவில், சிவிகை மீதமர்ந்து கீதம், நர்த்தனம், வாத்ய கோஷங்களுடன் சயனாலயத்திற்குச் சென்றதும், பரமசிவனுடைய ஜடையிலுள்ள கங்கை, அங்கு பள்ளி அறையிலுள்ள மனோன்மணியம்மையை வணங்கி, வெகு வேகமாக அங்கிருந்து நீங்குவாள். மீண்டும் கங்கா தேவியை பரமசிவனுடைய ஜடாமகுடத்தில் சேர்க்கும் பொருட்டு செய்யப்படும் கிரியையே கங்காஹரணம் அல்லது தீர்த்த ஸங்க்ரஹணம் எனப்படும். தன்னை நன்றாகச் சுத்தி செய்து கொண்ட சிவாச்சாரியார், சுவர்ணம் முதலிய ஏதாவதொரு குடத்தில் நதியிலிருந்து நீரை நிரப்பி, மாவிலை தேங்காய் முதலியவற்றால் அலங்கரித்து, பரிசாரகரின் தலை மீது அந்தக் குடத்தை ஏற்றி, வாத்ய கோஷங்களுடன் உபசாரங்களுடனும் எடுத்து வந்து, சிவலிங்கத்தின்மீது விசர்ஜனம் செய்ய வேண்டும். இதன் பிறகே காலசந்தி பூஜை தொடங்கும். முதலில் சூர்ய பூஜையும், கணேச பூஜையும். பின்னர், பஞ்சகவ்யம், ஸ்நபன திரவியங்கள் செய்து வைத்துக்கொண்டு, த்வாரபூஜை, வ்ருஷபதேவர் பூஜை, வாஸ்துபூஜை, லிங்கசுத்தி ஆகியன செய்து, போகாங்க பூஜை செய்து, நைவேத்யம் முதலிய உபசாரங்கள் செய்ய வேண்டும். பின்னர் தேவி பூஜையும், பரிவார பூஜையும், தொடர்ந்து நித்யாக்னி கார்யம், ஸ்ரீபலி, நித்யோத்ஸவ நிகழ்ச்சிகள். நிறைவாக சண்டிகேச்வரர் பூஜை.

உச்சிகால பூஜை : விக்நேச்வர பூஜை, புண்ணியாகம் (புண்ணியாஹவாசனம்) பூதசுத்தி, அந்தர்யஜனம், தியானம், ஸ்தானசுத்தி, விசேஷார்க்யம், த்ரவ்யசோதனை, மந்திரசோதனை, சிவாகம்பாவனை ஆகிய பூர்வாங்கக் கிரியைகள் முதலில், பின்னர், ஸ்நபன பூஜை செய்து, துவாரபாலகரை வணங்கி, உட்புகுந்து, ஆதாரசக்தி முதல் மானசாபிஷேகம் வரை முறையாக மூலவரை அர்ச்சிக்க வேண்டும். பிறகு அபிஷேகம், அலங்காரம்,  ஆவரண பூஜை, பிறகு, தூப தீப நைவேத்யங்கள். பிறகு நடேசர், சோமாஸ்கந்தர் முதலிய மூர்த்திகளுக்கும், தேவிக்கும் பூஜை, சில திருக்கோவில் சம்ப்ரதாயங்களில், தொடர்ந்து நித்யாக்னி கார்யம், ஸ்ரீபலி, நித்யோத்ஸவ நிகழ்ச்சிகள் உண்டு. பூஜையின் நிறைவாக, சிவ நிர்மால்யத்தைச் சிவசண்டேச்வரரிடம் சமர்ப்பித்தல்.

சாயங்காலத்தில் செய்யப்படும் பூஜை : ஸூர்யன் சாயும் காலத்தில் செய்யப்படுவது சாயுங்கால அல்லது சாயங்கால பூஜை. இதுவே நித்திய ப்ரதோஷ பூஜை எனவும் கூறப்படும். (நித்திய-நைமித்திக ப்ரதோஷ பூஜை என்பது க்ருஷ்ண-சுக்ல பக்ஷ த்ரயோதசி நாட்களில் சாயுங்காலத்தில் செய்யப்படும் சிறப்ப பூஜையாகும்). முதலில் கணேசருக்கும், நடராஜருக்கும் பூஜை. பின்னர் மூல லிங்கத்திற்கு தூப தீப நைவேத்யம் உள்ளிட்ட பூஜை. பிறகு சோமாஸ்கந்தர் முதலிய மூர்த்திகளுக்கும், தேவிக்கும் பூஜை.

இரண்டாங்கால பூஜை (இரவு முதல் யாம மகாசந்தி பூஜை) : முதலில் விக்நேச்வர பூஜை செய்து, பின்னர் ஸ்வாமி ஸந்நிதியில் துவார பூஜை; சிவோகம்பாவனை செய்து, ஐந்து ஆவரணங்களுடன் இறைவனைப் பூஜித்து, வ்யோமவ்யாபி மந்திரத்தினால் எண்ணெய் முதல் ஸ்நபனம் வரை அபிஷேகம்; அலங்காரம்; தூப தீப நைவேத்யம், ராஜோபசாரம்; தேவி பூஜை; பரிவாரங்களுக்கு பூஜை; தொடர்ந்து நித்ய அக்கினி காரியம், நித்யோத்ஸவம், ஸ்ரீபலி; நிறைவாக சண்டிகேச்வரர் பூஜை.

இரவு அர்த்தயாம பூஜை: த்வாரபூஜை கிடையாது; ஸ்நாபனம்; மூலவருக்கு அபிஷேகம், அலங்காரம்; பஞ்சாவரண பூஜை; அப்பம் ஈறாஜ நைவேத்யம்; தேவி பூஜை; போகசக்தி பூஜை; பின் ஸ்வாமி ஆலயத்தில் சந்த்ரசேகரர், ஸோமாஸ்கந்தர், நடேசர், மூல மூர்த்தி இப்படி ஒடுக்கக் கிரமமாய் பூஜித்துத் திரையிட்டு, பாதுகாராதன பிம்பத்தில் மூர்த்தியை ரஹஸ்யமாய் சம்யோஜித்து பூஜித்து, சிவிகையில் ஏற்றி, சகல உபசாரங்களுடன் பள்ளி அறையில் சேர்த்தல். பின் அம்பாள் ஆலயத்தில், திரையிட்டு, அங்குள்ள சயனாலய பிம்பத்தில் அல்லது பீடத்ரிகோணத்தில் சக்தியை ரஹஸ்ய பூஜையுடன் சம்யோஜித்து ஆராதனையை முடித்தல். பின்னர் சயனாலயத்தில் சுவாமி பாதுகையில் இடப்பக்கத்தில் சக்தி பிம்பத்தை எழுந்தருளச் செய்து, பள்ளியறை பூஜை; பால், பால் பாயஸம், வடை நைவேத்யம்; வாசனைப் பொருட்களுடன் கூடிய தாம்பூலம் சமர்ப்பணம்; திரை இட்டு, இறைவனைப் பள்ளி கொண்டருளும்படி தோத்திரப் பாடல்கள் இசைத்தல்; பள்ளியறை நடைஅடைத்தல். சண்டேச்வரர் பூஜை; பிறகு, . ÷க்ஷத்ரபாலகருக்கு (பைரவருக்கு) பூஜை செய்து, அவரிடம் முத்திரா தண்டத்தை (திருக்கோவில் சாவிக்கொத்து) ஒப்படைத்தல். பின்னர் பைரவர் ஸந்நிதி நடை அடைத்து அந்தச் சாவியை திருக்கோயில் வளாகம் காவல் காக்கும் பொறுப்புள்ளவரிடம் அளித்தல்.

பூஜா கால அளவு : ஒவ்வொரு காலத்திலும் செய்யப்படும் பூஜைக்கு ஆகக்கூடிய நேரம் : அபிஷேகத்திற்கு - 2 நாழிகை; அர்ச்சனைக்கு - 1 நாழிகை; நைவேத்யத்திற்கு - அரை நாழிகை; நித்யாக்னி கார்யம் - அரை நாழிகை; நித்யோத்ஸவம் - அரை நாழிகை; நர்த்தனம் முதலிய கலா உபசாரங்கள் - 1 நாழிகை.

நித்யாக்கினி காரியம் : இதற்காக ஸ்வாமி ஸந்நிதியில் குண்டம் அமைக்கப்பட்டிருக்கும். நிரீக்ஷணம், ப்ரோக்ஷணம், தாடனம், அப்யுக்ஷணம் ஆகிய நான்கு வகை கிரியைகளைச் செய்து புனிதமாக்கப்பெற்ற நீரினால் குண்டத்தை ப்ரோக்ஷணம் செய்து கலாமயமாகக் கற்பித்து, எண்வகை மலர்களால் அருச்சித்து, அவிச்சின்னமான (தடைப்படாது இருந்து வருகின்ற) அக்நியைத் தியானித்து, பரிதிகளையும் விஷ்டரங்களையும் (குண்டத்தில் படிகள்) உரிய இடத்தில் வைத்து, பரிதிகளில் ப்ரஹ்மா, விஷ்ணு, ருத்ரன், ஈமானன் ஆகியோரையும். விஷ்டரங்களில் இந்திரன் முதலிய திக்பாலகர்களையும் ஆவாஹனம் செய்து அருச்சித்து, அர்க்யம் கொடுத்து, சிருக்சுருவ ஸம்ஸ்காரங்களையும் ஆஜ்ய (நெய்) ஸமஸ்காரங்களையும் செய்தல் வேண்டும். கனன்று எழும் அக்கினியைச் சிவாக்கினியாகப் பாவித்து, அதன் நடுவேயுள்ள இதயத் தாமரை மலரில் சிவபிரானை ஆவரணங்களுடன் அருச்சித்து, மூலமந்திரம் மற்றும் பஞ்சப்ரஹ்ம மந்திரங்களால் ஆகுதி செய்து பூர்ணாஹுதி செய்திடல் வேண்டும். பின்னர், பரிதி விஷ்டரங்களில் அன்னத்தால் பலி; அங்கிருந்து புஷ்பங்களை அஞ்சலி முத்திரையால் எடுத்து, மூலவரிடம் கொண்டு சென்று, க்ஷமாபராத மந்திரம் கூறி, உற்பவ முத்திரையால் வணங்கி வரத ஹஸ்தத்தில் மலர்களை சமர்ப்பித்தல் வேண்டும்.

ஸ்ரீபலி : தினமும் மூன்று வேளைகள் இல்லாவிடினும், காலை - மாலை இரு வேளைகளிலுமாவது (அல்லது மிகக் குறைந்தபக்ஷமாக ஒரு வேளையாவது) நித்திய பலி இடுதல் வேண்டும். நாமாவளியின் இறுதியில் நம: என்று கூறி அருச்சித்தல் முறை; அவ்வாறே, நாமாவளியின் இறுதியில் ஸ்வாஹா என்று கூறி ஸ்ரீபலி இடுவது முறை. மற்றொருவர் பலி நாயகரைச் சுமந்து வர, பரிசாரகர் அன்னம் எடுத்து வர, சிவாச்சாரியார் ஒரு கையில் அர்க்ய பாத்திர நீரும், மற்றொன்றில் மணியும் எடுத்துச் செல்வார். இறைவன் ஸந்நிதி முன்னுள்ள துவாரபாலகரிடமிருந்து தொடங்கி, பலி பீடங்கள், திருநந்திதேவர் ப்ரதிஷ்டையாகியுள்ள இடங்கள், த்வஜஸ்தம்பதத்தின் அருகிலுள்ள பத்ரலிங்கம் என்றழைக்கப்பெறும் மஹாபலிபீடம். திக் பாலகர்கள். அனைத்துப் பரிவார தெய்வங்களுக்குமான பலிபீடங்கள் ஆகிய அனைத்து இடங்களிலும் பூமியில் நீர் தெளித்துப் புனிதமாக்கி, பரிசாரகர் தரும் சுத்த அன்ன உருண்டைகளை வைத்து சிவாச்சாரியார் பலி இடுவதே ஸ்ரீபலி.